Platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG)

Het platform MDG heeft als kernactiviteit het opsporen van specifieke somatische defecten in het DNA van de maligne weefsels, bloed of beenmerg van patiënten met kanker.

De testen worden aangevraagd via de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent (vaste tumoren, ook de tBRCA-test) of via het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent (hemato-oncologie). De laboratoriumtesten worden in het Centrum Medische Genetica Gent uitgevoerd.
Raadpleeg de Richtlijnen voor de aanvragen en Staalinstructies.

A/ Geaccrediteerde MDG-testen in routine (ISO 15189:2012):

SOLIDE TUMOREN:

SOLID NGS panel: detectie van genetische defecten in 73 genen:
AKT1, ALK, APC, AR, ARID1A, ATM, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CDK4, CDK6, CDK12, CDKN2A, CDKN2B, CTNNB1, DICER1, DPYD, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FOXL2, FRK, GATA3, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, H3F3B, HIST1B3, HIST1H3C, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, IL6ST, JAK1, JAK2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MYOD1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3R1, POLE, PTEN, RB1, RET, RNF43, ROS1, SMAD4, SMO, SPOP, STAT3, STK11, TERT, TP53, VHL
De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u hier raadplegen. Dit 73 genen bevattende genpanel omvat alle genen die verplicht te analyseren zijn binnen de NGS-conventie.

De kwaliteit van het DNA geëxtraheerd uit FFPE-weefsel wordt nagekeken d.m.v. een DNA-kwaliteitstest. Een capture-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 73 genen gevolgd door sequencing met de Ilumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. een in-huis bcbio workflow. Voor vrijgave van de NGS-resultaten wordt gestreefd naar een minimale coverage van 300x voor de nucleotiden van interesse. De 73 genen worden bekeken voor alle tumorstalen waarvoor deze test aangevraagd wordt. De limiet voor het detecteren van een variant is 5%. Uitzondering zijn gekende hotspot varianten die ook gerapporteerd worden wanneer de allelfrequentie van de variant (VAF) tussen 2 - 5% is indien de coverage > 300x is en de variant aanwezig is in > 10 reads. Enkel de pathogene varianten, de vermoedelijk pathogene varianten en de varianten van ongekende significantie (VUS) worden gerapporteerd (Richards et al. Genet Med 2015). Op basis van deze test kan men geen onderscheid maken tussen een verworven en een aangeboren variant.

MDG-MGMT test: detectie van de MGMT-promotermethylatie in glioblastoma

Voor het onderzoek naar somatische mutaties in vaste tumoren stuurt u het tumorweefsel in FFPE naar de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent, met gebruik van het aanvraagformulier van die dienst; dat geldt ook voor de tBRCA-test (test voor patiënten met platinum-sensitieve hooggradige sereuze ovariumtumor voor terugbetaling Lynparza).
Zie de laboratoriumgids van de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent.

HEMATOLOGISCHE AANDOENINGEN:

• HEMATO NGS panel: detectie van genetische defecten in 68 genen: ANKRD26, ASXL1, ATM, BCL2, BCOR, BCORL1, BIRC3, BRAF, BTK, CALR, CBL, CBLB, CEBPA, CSF3R, CUX1, CXCR4, DDX41, DNMT3A, ETNK1, ETV6, EZH2, FBXW7, FLT3, GATA1, GATA2, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KIT, KMT2A, KRAS, KMT2A, MPL, MYD88, NF1, NOTCH1, NPM1, NRAS, NUDT15, PHF6, PIGA, PLCG2, PPM1D, PTPN11, RAD21, RHOA, RRAS, RUNX1, SBDS, SETPB1, SF1, SF3B1, SH2B3, SMC1A, SMC3, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT5B, TET2, TP53, TPMT, U2AF1, UGT1A1, WT1, ZRSR2. De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u raadplegen op de website van de Klinische Biologie http://www.labgids.gent/. Dit 68 genen bevattende genpanel omvat alle genen die verplicht te analyseren zijn binnen de NGS-conventie (https://www.riziv.fgov.be/nl/professionals/verzorg....). Een capture-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 68 genen gevolgd door sequencing met de Ilumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. een in-huis bcbio workflow. Voor vrijgave van de NGS-resultaten wordt gestreefd naar een minimale coverage van 300x voor de nucleotiden van interesse. De 68 genen worden bekeken voor alle stalen waarvoor deze test aangevraagd wordt. De limiet voor het detecteren van een variant is 5%. Uitzondering zijn gekende hotspot varianten die ook gerapporteerd worden wanneer de allelfrequentie van de variant (VAF) tussen 2 - 5% is indien de coverage > 300x is en de variant aanwezig is in > 10 reads.
  Enkel de pathogene varianten, de vermoedelijk pathogene varianten en de varianten van ongekende significantie (VUS) worden gerapporteerd (Richards et al. Genet Med 2015). Op basis van deze test kan men geen onderscheid maken tussen een verworven en een aangeboren variant.

• MDG-MPN1mini test: detectie van varianten in CALR, JAK2 en MPL in MPN. Een in-huis PCR-gebaseerde NGS aanrijking wordt gebruikt gevolgd door sequencing met de Ilumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. een clcbio workflow. Voor vrijgave van de NGS resultaten wordt gestreefd naar een minimale coverage van 300x voor de nucleotiden van interesse. De limiet voor het detecteren van een variant is 5%. Uitzondering zijn gekende hotspot varianten die ook gerapporteerd worden wanneer de allelfrequentie van de variant (VAF) tussen 2 - 5% is indien de coverage > 300x is en de variant aanwezig is in > 10 reads.
  Enkel de pathogene varianten, de vermoedelijk pathogene varianten en devarianten van ongekende significantie (VUS) worden gerapporteerd (Richards et al. Genet Med 2015). Op basis van deze test kan men geen onderscheid maken tussen een verworven en een aangeboren variant.

Voor het aanvragen van een 'MDG-test' voor een patiënt met een hemato-oncologische aandoening stuurt u het bloed naar het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent, met gebruik van het aanvraagformulier van die dienst.
Zie de Laboratoriumgids van het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent: http://www.labgids.gent (kies Aanvraagformulieren - Aanvraagformulier bijzondere hematologie – cytomorfologie | immunofenotypering | moleculaire analyses)

B/ MDG-testen in ontwikkeling: